Les missions de Port Atlantique La Rochelle sont les suivantes :
- réaliser, entretenir et exploiter ses accès maritimes,
- assurer la police, la sûreté, la sécurité, et les missions concourant au bon fonctionnement général du port,
- gérer le domaine inclus dans ses limites administratives,
- assurer la construction et l'entretien des infrastructures portuaires,
- participer à l'aménagement et à la gestion de zones industrielles ou logistiques liées à l'activité portuaire.